连云港市公安局设有部门：警务保障处、经济犯罪侦查支队、图像侦察支队、监察协作勤务支队、国际合作处、禁毒支队、出入境管理支队（口岸签证支队）、水上警察支队（水上分局）、单位内部安全保卫支队，机关党委（直属工作处，含工青妇工作）、老干部处、政治部、政工综合处、人事处、组织教育处、警务辅助人员管理处、舆情引导处置中心（新闻宣传中心）、人民警察训练学校（实战训练办公室）、市见义勇为基金会办公室、市局安全生产工领导小组办公室、治安警察支队、巡特警支队、人口管理支队、办公室（档案管理中心）、通信保障处、科技处，情报指挥中心（连云港市反恐怖指挥中心、警用航空管理办公室）、大数据侦控支队（大数据中心）、政务服务管理支队、监所管理支队、市看守所、市拘留所、市强制隔离戒毒所，市局疫情防控工作专班、刑事警察支队（有组织犯罪侦查支队、物证鉴定中心、连云港市反通讯网络诈骗中心）、法制支队（直属分局）、反恐怖工作支队、海防支队工作。
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